После поражения последнего Ангела Гэндо полностью разрывает отношения с SEELE; он начинает подготовку к началу Третьего Удара с использованием Рэй и Лилит в Конечной Догме. SEELE через правительство Японии приказывает отрядам JSSDF атаковать Токио-3 и штаб-квартиру NERV и найти и убить пилотов Евангелионов. JSSDF взрывают город N² бомбой и, проникнув в NERV, устраивают там кровавую резню. Аска постигает природу своей Евы и снова может ей управлять. Она отражает атаку на поверхности геофронта. Чтобы остановить Еву-02 SEELE десантирует девять Серийных Евангелионов с работающими S² двигателями. Мисато спасает Синдзи от убийства солдатами JSSDF, но сама получает смертельное ранение. Она уговаривает Синдзи пилотировать Евангелион-01 и помочь Аске. Та в это время удачно расправляется с Серийными Евами, но, когда энергия Евы-02 подходит к концу, они готовы регенерировать.